定期消毒的目的是消灭散播与羊舍内空气中和附着于墙壁地面的病原微生物，切断传播途径，保护人畜健康。因此应定期对环境、羊舍、地面土壤、粪便、污水等进行消毒。
　　1、环境消毒  羊舍周围环境定期用2%火碱或撒生石灰消毒。羊场周围及场内污染池、排粪坑、下水道出口，每月用漂白粉消毒1次。
　　2、羊舍消毒  一般情况下，羊舍消毒每周1次，每年再进行2次大消毒。羊舍消毒可用1:1800～3000的百毒杀。对病羊舍和隔离舍，在其出口处应放置有消毒液的麻袋片或草垫；消毒液可用2%～4%氢氧化钠、1%菌毒敌（对病毒性疾病），或用10%克辽林溶液（对其他疾病）。
　　3、地面土壤消毒  土壤表面可用10%漂白粉溶液、4%福尔马林或10%氢氧化钠溶液。停放过芽孢杆菌所致传染病（如炭疽）病羊尸体的场所，应严格加以消毒，首先用上述漂白粉喷洒地面，然后将表层土壤掘起30厘米左右，撒上干漂白粉，并与土混合，将此表土妥善运出掩埋。
　　4、粪便消毒  羊场的粪便多采用生物热消毒法，即在羊场100～200米外的地方设一堆粪场，将羊粪堆积起来，上面覆盖10厘米厚的沙土，堆放发酵1～3个月左右，即可用作肥料。
　　5、污水消毒  将污水引入处理池，加入化学药品（如漂白粉或其他氯制剂）进行消毒，用量视污水量而定，一般一升污水用2～5克漂白粉。